| MirGeneDB ID | Ebu-Mir-192-o1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-192 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Inshore hagfish (Eptatretus burgeri) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Laf-Mir-192-P1 Pma-Mir-192-o1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Cyclostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Eburgeri_3) |
FYBX02009777.1: 1718365-1718423 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-192-o1) |
Mir-192-o1
FYBX02009777.1: 1718365-1718423 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-194-o1 FYBX02009777.1: 1718594-1718650 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | UGACCUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGCAGUGAGAACACGCAGGGCAUUGGGCAAUGACCUAUGAUUUGACAGCUGGUUCCAACUCCCACCUGUCAGUUUCGUAGGUCAAAGUUCAGUGUCCAAGUGAUCAUCGUUUUUCAAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAGCAGUGAGAACACGCA--- AA U-| C GUUCC GGGCAUUGGGC UGACCUAUGA UUGACAG UG \ CCUGUGACUUG ACUGGAUGCU GACUGUC AC A UAACUUUUUGCUACUAGUGAA AA UU^ C CCUCA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ebu-Mir-192-o1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUGACCUAUGAUUUGACAGCUG -22
Get sequence
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| Star sequence | Ebu-Mir-192-o1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- CCUGUCAGUUUCGUAGGUCAAAGU -59
Get sequence
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