| MirGeneDB ID | Ebu-Mir-140-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-140 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Inshore hagfish (Eptatretus burgeri) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ebu-Mir-140-P3-v1 Ebu-Mir-140-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Lch-Mir-140-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | E. burgeri | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Eburgeri_3) |
FYBX02008842.1: 1778409-1778469 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-140-P4-v2) |
Mir-140-P4-v1
FYBX02008842.1: 1778408-1778469 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-140-P4-v2 FYBX02008842.1: 1778409-1778469 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Ebu-Mir-140-P4-v2 |
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| Seed | ACCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGACGUCCAUAACCCUACUCGUGUGACGCUCAGUGGUUUUACCCUAUGGUAGAUCCAGCAAUAGCACACUACCACAGGGUAGAACCACGGGUGGAUACCGGGCCCUCGCAGCAGAUACAGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGACGUCCAUAACCCUA--| U A- A A AUCCAGC CUCG GUG CGCUC GUGGUUUUACCCU UGGUAG A GGGC CAU GUGGG CACCAAGAUGGGA ACCAUC A AGACAUAGACGACGCUCCC^ - AG - C ACACGAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ebu-Mir-140-P4-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGUGGUUUUACCCUAUGGUAGA -23
Get sequence
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| Mature sequence | Ebu-Mir-140-P4-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UACCACAGGGUAGAACCACGGG -61
Get sequence
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| Variant | Ebu-Mir-140-P4-v1 |
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| Seed | CCACAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGACGUCCAUAACCCUACUCGUGUGACGCUCAGUGGUUUUACCCUAUGGUAGAUCCAGCAAUAGCACACUACCACAGGGUAGAACCACGGGUGGAUACCGGGCCCUCGCAGCAGAUACAGAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGACGUCCAUAACCCUA---| U A- A A AUCCAGC CUCG GUG CGCUC GUGGUUUUACCCU UGGUAG A GGGC CAU GUGGG CACCAAGAUGGGA ACCAUC A GAGACAUAGACGACGCUCCC^ - AG - C ACACGAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ebu-Mir-140-P4-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGUGGUUUUACCCUAUGGUAG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Ebu-Mir-140-P4-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- ACCACAGGGUAGAACCACGGGU -62
Get sequence
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