MirGeneDB ID | Ebu-Mir-135-P9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-135 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Inshore hagfish (Eptatretus burgeri) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ebu-Mir-135-P10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | E. burgeri | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Eburgeri_3) |
FYBX02000030.1: 2040214-2040279 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUGGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAUGGGGAUGCUAUCCCUGCUGUGGCUUUUUAUGGCUUUUUAUUCCUACGUGAUGAGCAGAACUUGCAAGCCCCACGUAGGGGAGGAAGCCAUGGACAGCUCAGCGGAAUUGUCAGCGGAAGCAAGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 CAUGGGGAUGCUAUCCC---| U U A AUGAGCAGAA UGCUG GGCU UUUAUGGCUUUUU UUCCUACGUG \ GCGAC UCGA AGGUACCGAAGGA GGGGAUGCAC C GAACGAAGGCGACUGUUAAG^ - C - CCCGAACGUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Ebu-Mir-135-P9_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAUGGCUUUUUAUUCCUACGUGA -23
Get sequence
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Star sequence | Ebu-Mir-135-P9_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
44- ACGUAGGGGAGGAAGCCAUGGA -66
Get sequence
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