MirGeneDB ID | Ebu-Mir-135-P10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-135 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Inshore hagfish (Eptatretus burgeri) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ebu-Mir-135-P9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | E. burgeri | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Eburgeri_3) |
FYBX02010664.1: 1778976-1779034 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUGGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGGCAGCGGGAUAAAUCACGGCUGUGUUUUAUGGCUUUUUAUUCCUAUGUGAGGGUAUGCAGUGUUGCGUAGGGGUGAAAGCCAUUGAAUACGCCGUGAAAGCACAGCGAUAAAGUCGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GAGGCAGCGGGAUAAAU---| U U U UG GGGUA CACGGC GUGUUU AUGGCUUUU AUUCCUAUG A U GUGCCG CAUAAG UACCGAAAG UGGGGAUGC U G GCUGAAAUAGCGACACGAAA^ - U - GU GUGAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Ebu-Mir-135-P10_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAUGGCUUUUUAUUCCUAUGUGA -23
Get sequence
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Star sequence | Ebu-Mir-135-P10_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- GCGUAGGGGUGAAAGCCAUUGA -59
Get sequence
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