| MirGeneDB ID | Dre-Mir-722-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-722 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dre-mir-722 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dre-Mir-722-P1-v1 Dre-Mir-722-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Gmo-Mir-722-P2-v1 Lch-Mir-722 Mal-Mir-722-P2-v1 Tni-Mir-722-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (danRer11) |
chr1: 56363896-56363960 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-722-P2-v2) |
Mir-722-P2-v1
chr1: 56363896-56363960 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-722-P2-v2 chr1: 56363896-56363960 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Dre-Mir-722-P2-v2 |
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| Seed | UUGCAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGGAGACCUGUGUAUUGGAACGGAGUGGAAUUUGAAACGUUUUGGCCAAAAAUGUAGCCAUGGCAAAGGGGUUUUUUGCAGAAACGUUUCAGAUUUCGCUCCGUUCUCCGGCUUCGGAAAAAACCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CGGAGACCUGUGUAUUG--| G C AUGUAGCCAU GAACGGAGUGGAAUUUGAAACGUUUU GC AAAA \ CUUGCCUCGCUUUAGACUUUGCAAAG CG UUUU G CCAAAAAAGGCUUCGGCCU^ A U UGGGGAAACG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dre-Mir-722-P2-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUUGAAACGUUUUGGCCAAAA -21
Get sequence
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| Mature sequence | Dre-Mir-722-P2-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0003748 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- UUUGCAGAAACGUUUCAGAUU -65
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-722 |
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| Variant | Dre-Mir-722-P2-v1 |
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| Seed | UUUGCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGGAGACCUGUGUAUUGGAACGGAGUGGAAUUUGAAACGUUUUGGCCAAAAAUGUAGCCAUGGCAAAGGGGUUUUUUGCAGAAACGUUUCAGAUUUCGCUCCGUUCUCCGGCUUCGGAAAAAACCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CGGAGACCUGUGUAUUG--| G C UGUAGCCAU GAACGGAGUGGAAUUUGAAACGUUUU GC AAAAA \ CUUGCCUCGCUUUAGACUUUGCAAAG CG UUUUU G CCAAAAAAGGCUUCGGCCU^ A U GGGGAAACG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dre-Mir-722-P2-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUUGAAACGUUUUGGCCAAAAA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Dre-Mir-722-P2-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0003748 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- UUUUGCAGAAACGUUUCAGAUU -65
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-722 |
