| MirGeneDB ID | Dme-Mir-987 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-987 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila melanogaster) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dme-mir-987 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dan-Mir-987 Dmo-Mir-987 Dsi-Mir-987 Dya-Mir-987 Gpa-Mir-987 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Glossinidae + Drosophilidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Glossinidae + Drosophilidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_melanogaster_BDGP6) |
2R: 9313037-9313102 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAAGUAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGCGGAAGACGAACAAUGUUGGACUGUGUUUAAAGUAAAUAGUCUGGAUUGAUGAAAGUUGCAUUCGAGAAUUCAUCAACAGGCAUUUACUUCAACUGCAGUUUGAACAAAAUGCAACAGGAAAAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGCGGAAGACGAACAAUG--|UG GU A A GA AAGUUGCA U GACUGU UU AAGUAAAU GUCUG UUGAUGA \ A UUGACG AA UUCAUUUA CGGAC AACUACU U UAAAAGGACAACGUAAAACA^GU UC C - -- UAAGAGCU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There are Dicer cuts +1 and -1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dme-Mir-987_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0005504 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAAGUAAAUAGUCUGGAUUGAUGA -25
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0005504 TargetScanFly: dme-miR-987 |
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| Star sequence | Dme-Mir-987_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0020885 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- AUCAACAGGCAUUUACUUCAAC -66
Get sequence
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