MirGeneDB ID | Cte-Mir-1995 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1995 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cte-mir-1995 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Efe-Mir-1995-P1 Efe-Mir-1995-P2 Ofu-Mir-1995 Pdu-Mir-1995 Snu-Mir-1995 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Annelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Annelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_394: 114750-114808 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UACAUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACAGGUCAUCGAAGCAGGGCGAAGUUUUCUGUACAUCUCGCAUUGUGACCAUCUGUUGUUAACGCAUGGUUUCAAUGGGAUAUGUUGAUAAAGCUUCCGUCGAGGUCAACAUCCGAGGCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 ACAGGUCAUCGAAGCAG- -| CUGU C G U CUGUUG GGC GAAGUUUU ACAU UC CAUUG GACCAU \ CUG CUUCGAAA UGUA AG GUAAC UUGGUA U CGGAGCCUACAACUGGAG C^ UAGU U G U CGCAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cte-Mir-1995_5p |
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mirBase accession | MIMAT0009706 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUACAUCUCGCAUUGUGACCAU -22
Get sequence
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Star sequence | Cte-Mir-1995_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- GGUUUCAAUGGGAUAUGUUGAU -59
Get sequence
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