MirGeneDB ID | Csc-Mir-193-P1u | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-193 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Arizona bark scorpion (Centruroides sculpturatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Csc-Mir-193-P2v | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-193-P1 Aga-Mir-193-P1 Bge-Mir-193-P1 Cbr-Mir-193-P1-v1 Cel-Mir-193-P1-v1 Cte-Mir-193-P1 Dan-Mir-193-P1-v1 Dgr-Mir-193-P1 Dlo-Mir-193-P1 Dma-Mir-193-P1 Dme-Mir-193-P1-v1 Dmo-Mir-193-P1-v1 Dpu-Mir-193-P1 Dsi-Mir-193-P1-v1 Dya-Mir-193-P1-v1 Eba-Mir-193-P1 Esc-Mir-193-P1 Gpa-Mir-193-P1 Hme-Mir-193-P1 Hru-Mir-193-P1 Isc-Mir-193-P1 Lgi-Mir-193-P1 Lhy-Mir-193-P1 Mgi-Mir-193-P1 Mom-Mir-193-P1 Npo-Mir-193-P1 Obi-Mir-193-P1 Ofu-Mir-193-P1 Ovu-Mir-193-P1 Pau-Mir-193-P1 Pcr-Mir-193-P1 Pma-Mir-193-P1 Pmi-Mir-193-P1 Pve-Mir-193-P1 Rph-Mir-193-P1 Snu-Mir-193-P1 Tca-Mir-193-P1 War-Mir-193-P1 Xbo-Mir-193-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. sculpturatus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000671375.1_CSC) |
NW_019384618.1: 321572-321628 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACUGGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AACCGAAGUCCUACAGUCGCACACCGCGUCUGGGCCUUAGUGGUACAGUGGAAGGUUUGACUAUCUACUGGCCUGCUAAGUCCCAAACGCUGUGGGCCUCACGUCGCCAUUAAAACUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 AACCGAAGUCCUACAGUC--| A C C C UG UA AGGUU GC CAC GCGU UGGG CUUAG G CAGUGGA \ CG GUG CGCA ACCC GAAUC C GUCAUCU U UCAAAAUUACCGCUGCACUC^ G U A U GU CG AUCAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Csc-Mir-193-P1u_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGGCCUUAGUGGUACAGUGGA -22
Get sequence
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Mature sequence | Csc-Mir-193-P1u_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- UACUGGCCUGCUAAGUCCCAAA -57
Get sequence
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