| MirGeneDB ID | Cli-Mir-9616 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-9616 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rock pigeon (Columba livia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cli-mir-9616 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. livia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | C. livia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (colLiv2) |
scaffold32: 1124437-1124505 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-9616) |
Mir-9616
scaffold32: 1124437-1124505 [-]
Mir-26-P2 scaffold32: 1151298-1151358 [+] |
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| Seed | UGAGCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGACAACCUGUGGGCAGCCUCAGUGGGGGCUGCGGCCUGGGGCAGCGCAAACCCCACUUUAGGGUGGAAAACACAAGGUUGAGCUGAUCCAGGCCUGGCCUCCCCUCUGGCCCAUACUCCCCUGCCCCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CGACAACCUGUGGGCAG--| UC U C GG GCA CCACUUUAGGG CC AG GGGGGCUG GGCCUGG CAGC AACC \ GG UC CCUCCGGU CCGGACC GUCG UUGG U UCCCCGUCCCCUCAUACCC^ UC C - UA AG- AACACAAAAGG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cli-Mir-9616_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038721 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCGGCCUGGGGCAGCGCAAACC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Cli-Mir-9616_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0038722 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
48- UUGAGCUGAUCCAGGCCUGGC -69
Get sequence
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