| MirGeneDB ID | Cja-Mir-885 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-885 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-885 Cfa-Mir-885 Dno-Mir-885 Eca-Mir-885 Hsa-Mir-885 Laf-Mir-885 Mml-Mir-885 Mmr-Mir-885 Ocu-Mir-885 Pab-Mir-885 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021929.1: 61504170-61504223 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CCAUUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGCCCAGUCUGCUACUCGGCCCGCACUCUCUCCAUUACACUACCCUGCCUCUUCUCCAUGAGAGGCAGUGGGGUGUAGUGGAUAGAGCACGGGUUCAAGUCCCAGCUCCACCACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGCCCAGUCUGCUACUC--| CA C A - UCU GGCCCG CUCU UCCAUUACACU CC CUGCCUCU C UUGGGC GAGA AGGUGAUGUGG GG GACGGAGA C CACCACCUCGACCCUGAAC^ AC U - U GUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cja-Mir-885_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCCAUUACACUACCCUGCCUCU -22
Get sequence
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| Star sequence | Cja-Mir-885_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
32- AGGCAGUGGGGUGUAGUGGAUA -54
Get sequence
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