| MirGeneDB ID | Cja-Mir-616 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-616 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Hsa-Mir-616 Mml-Mir-616 Pab-Mir-616 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Simiiformes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Simiiformes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021923.1: 58617746-58617808 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CUCAAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGGUCAGUAAUUACCUUAGGUAAACCUCUGCUCAAAACCCUCCAGUGACUUCCAUGACAUGAAAUAGGAAUUCACUGGAGGAUUUUGAGCAGAGGAAUGACCUGUUUUAAAAGGCUCCUCCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUGGUCAGUAAUUACCU- AAA-| C C AUGACA UAGGU CCUCUGCUCAAAA CCUCCAGUGA UUCC \ GUCCA GGAGACGAGUUUU GGAGGUCACU AAGG U CCCUCCUCGGAAAAUUUU GUAA^ A U AUAAAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cja-Mir-616_5p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCUCAAAACCCUCCAGUGACUUCC -24
Get sequence
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| Star sequence | Cja-Mir-616_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AAUUCACUGGAGGAUUUUGAGCAG -63
Get sequence
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