| MirGeneDB ID | Cja-Mir-552 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-552 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Hsa-Mir-552 Mml-Mir-552 Pab-Mir-552 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Simiiformes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Simiiformes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021921.1: 68337185-68337243 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GUUAAAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGUAAUAGUCAAUUAUGCCACAGUUUGUUUGUUAAACCAUUCACCUGUUGGUUGAAGAUACCUUUUAACAAGUGAAUGGUUAGACAAACUGUGGUAUAUACACAUUAUGGAAUACUACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUGUAAUAGUCAAUUAU------| UUAA C UUGAAG GCCACAGUUUGUUUG ACCAUUCAC UGUUGG \ UGGUGUCAAACAGAU UGGUAAGUG ACAAUU A CAUCAUAAGGUAUUACACAUAUA^ ---- A UUCCAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cja-Mir-552_5p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUUAAACCAUUCACCUGUUGG -22
Get sequence
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| Co-mature sequence | Cja-Mir-552_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AACAAGUGAAUGGUUAGACAAA -59
Get sequence
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