MirGeneDB ID | Cja-Mir-511 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-511 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cpo-Mir-511 Hsa-Mir-511 Mml-Mir-511 Mmr-Mir-511 Mmu-Mir-511 Pab-Mir-511 Rno-Mir-511 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Euarchontoglires | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Euarchontoglires | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021921.1: 16862207-16862269 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUGUGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCCAACAAUAAGAAAACGAUAGACACCCAUCAUGUCUUUUGCCCUGCAGUCGGUAAAUUUUUUUUUUUCUGAAUGUGUAGCAAAAGACAGAAUGGAGGUCGAUUGAAUCCCAAGGAUGAAGACGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 UCCAACAAUAAGAAAACGAUA--| AC CA CC G GUAAAUUU GAC CCAU UGUCUUUUGC UGCA UCG \ CUG GGUA ACAGAAAACG GUGU AGU U CAGAAGUAGGAACCCUAAGUUAG^ GA AG AU A CUUUUUUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cja-Mir-511_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAUGUCUUUUGCCCUGCAGUCG -22
Get sequence
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Mature sequence | Cja-Mir-511_3p (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- AAUGUGUAGCAAAAGACAGAAU -63
Get sequence
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