MirGeneDB ID | Cja-Mir-320-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-320 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-320-P1c Bta-Mir-320-P1d Cfa-Mir-320 Cpo-Mir-320 Dno-Mir-320 Eca-Mir-320 Ete-Mir-320 Hsa-Mir-320-P1 Laf-Mir-320 Mml-Mir-320-P1 Mmr-Mir-320-P1a Mmr-Mir-320-P1b Mmr-Mir-320-P1c Mmr-Mir-320-P1d Mmu-Mir-320 Ocu-Mir-320 Pab-Mir-320-P1 Rno-Mir-320 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Catarrhini | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021927.1: 16121062-16121115 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAAGCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAUUUAUUAGGCGGCGCUUCGCUCCCCUCCGCCUUCUCUUCCCGGUUCUUCCCGGAGUCGGGAAAAGCUGGGUUGAGAGGGCGAAAAAGAAUAAGGGGAUGGUUCUGGGCUACGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UAUUUAUUAGGCGGCGCUUCGCUCCCCUC--| UU C CGG CGCCUUCUC CCCGGUU UUCC A GCGGGAGAG GGGUCGA AAGG G GCAUCGGGUCUUGGUAGGGGAAUAAGAAAAA^ UU A GCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | As a non-canonical (Group 3, Kim et al. 2016) Drosha-independent 5' capped miRNA few star reads are cloned and sequenced. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cja-Mir-320-P1_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GCCUUCUCUUCCCGGUUCUUCC -22
Get sequence
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Mature sequence | Cja-Mir-320-P1_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
32- AAAAGCUGGGUUGAGAGGGCGA -54
Get sequence
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