| MirGeneDB ID | Cin-Mir-1502-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1502 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAACUUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sea Squirt (Ciona intestinalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cin-mir-1502c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cin-Mir-1502-P1 Cin-Mir-1502-P2 Cin-Mir-1502-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. intestinalis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | C. intestinalis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ci3) |
3: 570975-571033 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1502-P4) |
Mir-1502-P1
3: 568849-568908 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-4018-P1 3: 568964-569018 [+] UCSC Ensembl Mir-1502-P2 3: 569083-569140 [+] UCSC Ensembl Mir-1502-P3 3: 569197-569256 [+] UCSC Ensembl Mir-4018-P2 3: 569570-569648 [+] UCSC Ensembl Mir-1502-P4 3: 570975-571033 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACACACAACACAGCCAAGCUAAUAAAGUGAUGAACUUUACCAUGAAAAAGCCUGUUAAUUGAAAUGCAGGGUUUUUCAUGGAGUUCGCCAAAGAAAAUAGCUCUUUCAUCGUGAACUAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 ACACACAACACAGCCAA- AUAAAG-| A UUA G UAAU GCUA UG UGAACU CCAUGAAAAA CCUGU U CGAU AC GCUUGA GGUACUUUUU GGACG G AAUCAAGUGCUACUUUCU AAAAGAA^ C --- G UAAA 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cin-Mir-1502-P4_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0016491 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAACUUUACCAUGAAAAAGCCUGU -25
Get sequence
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| Star sequence | Cin-Mir-1502-P4_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0016492 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AGGGUUUUUCAUGGAGUUCGCC -59
Get sequence
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