| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-935 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-935 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cfa-Mir-935-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cja-Mir-935 Mmr-Mir-935 Pab-Mir-935 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chr1: 103250645-103250704 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-935-v2) |
Mir-935-v1
chr1: 103250645-103250704 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-935-v2 chr1: 103250645-103250704 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Cfa-Mir-935-v2 |
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| Seed | CAGUUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGCUCAAGGCCGGCGGGGGCGCGGGCGGCAGUGGCGGGAGCGGCCCCUCGGCCAUCCUCCGUCUGCCCAGUUACCGCUUCCGCUACCGCCGCCGCUCCCGCUCUAGCUCCCGCUCCAGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUGCUCAAGGCCGGCGG---| C G A CCC C CAUCC GGG GCGG CGGC GUGGCGGGAGCGG CU GGC U CCC CGCC GCCG CAUCGCCUUCGCC GA CCG C CGACCUCGCCCUCGAUCUCG^ U - C AUU C UCUGC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cfa-Mir-935-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGGCGGGAGCGGCCCCUCGGC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Cfa-Mir-935-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CCAGUUACCGCUUCCGCUACCGC -60
Get sequence
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| Variant | Cfa-Mir-935-v1 |
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| Seed | AGUUACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGCUCAAGGCCGGCGGGGGCGCGGGCGGCAGUGGCGGGAGCGGCCCCUCGGCCAUCCUCCGUCUGCCCAGUUACCGCUUCCGCUACCGCCGCCGCUCCCGCUCUAGCUCCCGCUCCAGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUGCUCAAGGCCGGCGG---| C G A CCC C CCAUCC GGG GCGG CGGC GUGGCGGGAGCGG CU GG U CCC CGCC GCCG CAUCGCCUUCGCC GA CC C CGACCUCGCCCUCGAUCUCG^ U - C AUU C GUCUGC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cfa-Mir-935-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGGCGGGAGCGGCCCCUCGG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cfa-Mir-935-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CAGUUACCGCUUCCGCUACCGC -60
Get sequence
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