| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-361 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-361 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cfa-mir-361 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cfa-Mir-361-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Laf-Mir-361 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chrX: 66698699-66698759 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-361-v2) |
Mir-361-v1
chrX: 66698698-66698760 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-361-v2 chrX: 66698699-66698759 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Cfa-Mir-361-v2 |
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| Seed | CCCCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACAGUGAUUCUUCCCUGGGACUUGGGAGUUUAUCAGAAUCUCCAGGGGUACUUAAAAUUUGAAAAAGUCCCCCAGGUGUGAUUCUGAUUUGCUCCCUCUUCCUCUUUCUCUGAGAAUCACUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACAGUGAUUCUUCCCUG-- CUU UU U--| A U UAAAAU GGA GGGAGU AUCAGAAUC CC GGGG ACU \ CCU CCCUCG UAGUCUUAG GG CCCC UGA U UCACUAAGAGUCUCUUUCU UCU UU UGU^ A C AAAAGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | The mature form of this variant is most highly expressed as a 2 nt shorter form but is rarely accompanied by a 19 nt corresponding 5p star read. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cfa-Mir-361-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0006751 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUCAGAAUCUCCAGGGGUACU -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-361 miRDB: MIMAT0006751 |
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| Mature sequence | Cfa-Mir-361-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UCCCCCAGGUGUGAUUCUGAUUUG -61
Get sequence
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| Variant | Cfa-Mir-361-v1 |
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| Seed | UAUCAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GACAGUGAUUCUUCCCUGGGACUUGGGAGUUUAUCAGAAUCUCCAGGGGUACUUAAAAUUUGAAAAAGUCCCCCAGGUGUGAUUCUGAUUUGCUCCCUCUUCCUCUUUCUCUGAGAAUCACUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GACAGUGAUUCUUCCCU-- CUU UU U--| A U UUAAAAU GGGA GGGAGU AUCAGAAUC CC GGGG AC \ UCCU CCCUCG UAGUCUUAG GG CCCC UG U GUCACUAAGAGUCUCUUUC UCU UU UGU^ A C AAAAAGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cfa-Mir-361-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0006751 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUAUCAGAAUCUCCAGGGGUAC -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-361 miRDB: MIMAT0006751 |
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| Star sequence | Cfa-Mir-361-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CCCCCAGGUGUGAUUCUGAUUUGC -63
Get sequence
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