| MirGeneDB ID | Cel-Mir-788 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-788 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cel-mir-788 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cbr-Mir-788-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ce11) |
chrX: 8485301-8485362 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-788-v1) |
Mir-788-v1
chrX: 8485301-8485362 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-788-v2 chrX: 8485302-8485361 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Cel-Mir-788-v1 |
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| Seed | GAAAUGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUUACAAAUUUUCAGCUGGAAGCUCACUUUUCCGCUUCUAACUUCCAUUUGCAGAGUUCAAGUAAUCUGGAAAUGGAUUAGAAUCGUGGAAAAGUUAGUGAAUAGCAGUUUUCAAAAUUGUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUUACAAAUUUUCAGCUGGAA-- C --| CU G AGUUC GCU ACUUUUCCGC UUCUAA UCCAUUU CAG A UGA UGAAAAGGUG AAGAUU AGGUAAA GUC A GUGUUAAAACUUUUGACGAUAAG U CU^ -- G UAAUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cel-Mir-788-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0004223 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCCGCUUCUAACUUCCAUUUGCAG -24
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004223 TargetScanWorm: cel-miR-788 |
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| Mature sequence | Cel-Mir-788-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0015240 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GGAAAUGGAUUAGAAUCGUGGAAA -62
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0015240 |
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| Variant | Cel-Mir-788-v2 |
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| Seed | GGAAAUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUACAAAUUUUCAGCUGGAAGCUCACUUUUCCGCUUCUAACUUCCAUUUGCAGAGUUCAAGUAAUCUGGAAAUGGAUUAGAAUCGUGGAAAAGUUAGUGAAUAGCAGUUUUCAAAAUUGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUACAAAUUUUCAGCUGGAA-- C --| CU G GUUC GCU ACUUUUCCGC UUCUAA UCCAUUU CAGA A UGA UGAAAAGGUG AAGAUU AGGUAAA GUCU A UGUUAAAACUUUUGACGAUAAG U CU^ -- G AAUG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cel-Mir-788-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0004223 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCGCUUCUAACUUCCAUUUGCAGA -24
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004223 TargetScanWorm: cel-miR-788 |
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| Mature sequence | Cel-Mir-788-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0015240 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UGGAAAUGGAUUAGAAUCGUGGAA -60
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0015240 |
