| MirGeneDB ID | Cel-Mir-248 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-248 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cel-mir-248 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cbr-Mir-248-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ce11) |
chrX: 2262388-2262448 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-248-v1) |
Mir-248-v1
chrX: 2262388-2262448 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-248-v2 chrX: 2262388-2262448 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Cel-Mir-248-v1 |
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| Seed | UACACGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUUACUACUUUCCCGGCUGCAACUACGGUAAGCGGUAUCCAGCCGAUGUUUUCAAUACUGCAUUUGAAUACACGUGCACGGAUAACGCUCAUUGUUUUUCGCAUGCCAAUUUCACAAAUGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GUUACUACUUUCCCGGC- - CU A G A- -| A U AAUAC UGC AA ACGGU AGCG UAUCC GC CG UGU UUC U ACG UU UGUUA UCGC AUAGG CG GC ACA AAG G GGUAAACACUUUAACCGU C UU C A CA U^ - U UUUAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cel-Mir-248-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCGGUAUCCAGCCGAUGUUUUC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Cel-Mir-248-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000304 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AUACACGUGCACGGAUAACGCUCA -61
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000304 TargetScanWorm: cel-miR-248 |
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| Variant | Cel-Mir-248-v2 |
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| Seed | ACACGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUUACUACUUUCCCGGCUGCAACUACGGUAAGCGGUAUCCAGCCGAUGUUUUCAAUACUGCAUUUGAAUACACGUGCACGGAUAACGCUCAUUGUUUUUCGCAUGCCAAUUUCACAAAUGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GUUACUACUUUCCCGGC- - CU A G A- -| A U CAAUAC UGC AA ACGGU AGCG UAUCC GC CG UGU UU U ACG UU UGUUA UCGC AUAGG CG GC ACA AA G GGUAAACACUUUAACCGU C UU C A CA U^ - U GUUUAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cel-Mir-248-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCGGUAUCCAGCCGAUGUUUU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cel-Mir-248-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000304 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UACACGUGCACGGAUAACGCUCA -61
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000304 TargetScanWorm: cel-miR-248 |
