| MirGeneDB ID | Cel-Mir-2210 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2210 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cel-mir-2210 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. elegans | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | C. elegans | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (ce11) |
chrIV: 10914618-10914678 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2210) |
Mir-2210
chrIV: 10914618-10914678 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-246 chrIV: 10940152-10940215 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | AAAGUCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCUGUAUAUUGUUUAGUCCAUUCAGUUUGUAGGCAGAUCAAUCAAUUUUUAGGUUUAUAUAAAUAAUCCUAAAGUCGAUUGCUCUACCCACAAAAAGUAAUGUUGACUUGAAGUUAUGUAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCUGUAUAUUGUUUAGUC- CAG-| A C U AAU UUUAUA CAUU UUUGU GG AGA CAAUC UUUUAGG U GUAA AAACA CC UCU GUUAG GAAAUCC A UAUGUAUUGAAGUUCAGUU UGAA^ C A C CU- UAAUAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cel-Mir-2210_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0011435 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGCAGAUCAAUCAAUUUUUAGG -23
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0011435 TargetScanWorm: cel-miR-2210 |
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| Mature sequence | Cel-Mir-2210_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0011436 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UAAAGUCGAUUGCUCUACCCAC -61
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0011436 |
