| MirGeneDB ID | Cbr-Novel-6-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | CBR-NOVEL-6 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis briggsae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cbr-Novel-6-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. briggsae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | C. briggsae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (CB4) |
IV: 15799529-15799590 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-6-P2) |
Novel-6-P2
IV: 15799529-15799590 [-]
Ensembl
Novel-6-P1 IV: 15800970-15801031 [-] Ensembl Mir-7591-v1 IV: 15802497-15802558 [+] Ensembl Mir-7591-v2 IV: 15802497-15802558 [+] Ensembl |
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| Seed | AAGACAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUCUACAGUAAUCCCCUCCCCACUGGAGACAAGACAUUCCUGAGACAUGAUUCUAGAAGCUUCCUUGAAUCAGUCUCCGGAAUUUCUGGCCCCCAGAAGAAAGAGGCGGAGCCUAUUUCUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUUCUACAGUAAUCCCCUCCCCA--| AGACA C U A UAGAAG CUGG AGA AUUCC GAGAC UGAUUC \ GACC UCU UAAGG CUCUG ACUAAG C AUCUUUAUCCGAGGCGGAGAAAGAA^ CCCGG U C - UUCCUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cbr-Novel-6-P2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAAGACAUUCCUGAGACAUGAUUC -24
Get sequence
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| Co-mature sequence | Cbr-Novel-6-P2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AUCAGUCUCCGGAAUUUCUGGCC -62
Get sequence
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