| MirGeneDB ID | Cbr-Novel-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | CBR-NOVEL-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis briggsae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. briggsae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | C. briggsae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (CB4) |
I: 14505335-14505393 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-2) |
Mir-7595-P2a
I: 14504081-14504142 [-]
Ensembl
Novel-1 I: 14504857-14504917 [-] Ensembl Mir-7595-P1 I: 14505055-14505117 [-] Ensembl Novel-2 I: 14505335-14505393 [-] Ensembl |
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| Seed | CAGAGAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCAGGUACAGUUUAAGGGCGAUUUGCCUGUUCAGAGAUGUAGUGUCUUGAUGUUCGAAGUUCCUAACAUCAAGUGGUACAUCACUGAGCAGGCUUUAAGCCUACCUAUUUUUUAAAAAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCAGGUACAGUUUAAGG--| GAUUU A G U UCGAA GC GCCUGUUCAG GAUGUA UG CUUGAUGU G CG CGGACGAGUC CUACAU GU GAACUACA U UAAAAAUUUUUUAUCCAUC^ AAUUU A G - AUCCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cbr-Novel-2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCAGAGAUGUAGUGUCUUGAUGU -23
Get sequence
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| Co-mature sequence | Cbr-Novel-2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AUCAAGUGGUACAUCACUGAGC -59
Get sequence
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