| MirGeneDB ID | Cbr-Mir-788 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-788 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis briggsae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cbr-mir-788 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cbr-Mir-788-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (CB4) |
X: 16382877-16382943 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-788-v2) |
Mir-788-v1
X: 16382877-16382943 [+]
Ensembl
Mir-788-v2 X: 16382877-16382943 [+] Ensembl |
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| Variant | Cbr-Mir-788-v2 |
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| Seed | AAAUGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGAAUAUUCGAUUAGCCUGAAACUAACUUUUCCGCUUCUCAAUGCUCCAUUUGCAAAAUCAAAUUGAUUUUCUUGCAAAUGGGAUGAGAACCGGAAACGUUUGAUUGACGGAAACUUUGAAAAUGGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGAAUAUUCGAUUAGCCUGAAACU--| U C AUGC AAAUCAAA AAC UUUCCG UUCUCA UCCAUUUGCA U UUG AAAGGC AAGAGU GGGUAAACGU U UGGUAAAAGUUUCAAAGGCAGUUAGU^ C C A--- UCUUUUAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cbr-Mir-788-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0004289 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCCGCUUCUCAAUGCUCCAUUUGCA -25
Get sequence
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| Mature sequence | Cbr-Mir-788-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
45- CAAAUGGGAUGAGAACCGGAAA -67
Get sequence
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| Variant | Cbr-Mir-788-v1 |
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| Seed | AAUGGGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGAAUAUUCGAUUAGCCUGAAACUAACUUUUCCGCUUCUCAAUGCUCCAUUUGCAAAAUCAAAUUGAUUUUCUUGCAAAUGGGAUGAGAACCGGAAACGUUUGAUUGACGGAAACUUUGAAAAUGGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGAAUAUUCGAUUAGCCUGAAACU--| U C AUGC AAAAUCAAA AAC UUUCCG UUCUCA UCCAUUUGC U UUG AAAGGC AAGAGU GGGUAAACG U UGGUAAAAGUUUCAAAGGCAGUUAGU^ C C A--- UUCUUUUAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cbr-Mir-788-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0004289 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCCGCUUCUCAAUGCUCCAUUUGC -24
Get sequence
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| Mature sequence | Cbr-Mir-788-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
46- AAAUGGGAUGAGAACCGGAAA -67
Get sequence
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