| MirGeneDB ID | Cbr-Mir-785-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-785 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis briggsae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cbr-mir-785b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cbr-Mir-785-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cel-Mir-785 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. briggsae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (CB4) |
X: 4421255-4421318 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-785-P2) |
Mir-9-P14
X: 4419753-4419815 [-]
Ensembl
Mir-785-P2 X: 4421255-4421318 [+] Ensembl Mir-73-P2b X: 4426608-4426674 [-] Ensembl Mir-73-P2a X: 4426739-4426799 [-] Ensembl Mir-73-P1a X: 4426903-4426964 [-] Ensembl Mir-2231 X: 4430575-4430638 [-] Ensembl |
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| Seed | AAGUGAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGUCUCUUCCUCCGUGCUCACAGGCACAGCAGAAGUUAGAGUAUUUUCUCUUAGCCAACACAUUGAUUCGCUAAGUGAAUUCUCUACCUUCGGUUGUGUUGAUUGAGGCAUUCUUUGAAAUUGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGUCUCUUCCUCCGUGC- CA-| A U UAUU U CAACAC UCA GGCACAGC GAAG UAGAG UUC CUUAGC A AGU UUGUGUUG CUUC AUCUC AAG GAAUCG U AGUUAAAGUUUCUUACGG UAG^ G C UU-- U CUUAGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cbr-Mir-785-P2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGAAGUUAGAGUAUUUUCUCUUAGC -25
Get sequence
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| Mature sequence | Cbr-Mir-785-P2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0029609 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UAAGUGAAUUCUCUACCUUCGGU -64
Get sequence
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