| MirGeneDB ID | Cbr-Mir-7580-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-7580 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Roundworm (Caenorhabditis briggsae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cbr-mir-7580-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cbr-Mir-7580-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | C. briggsae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | C. briggsae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (CB4) |
X: 11135472-11135533 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-7580-P2) |
Mir-230
X: 11132721-11132785 [+]
Ensembl
Mir-7580-P2 X: 11135472-11135533 [-] Ensembl Mir-7580-P1 X: 11141279-11141340 [+] Ensembl Mir-791 X: 11146148-11146211 [+] Ensembl |
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| Seed | AACCCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUUUACCAAAAAUUUGGAAAGUUCCUUUCAGCCACUUCGGUUGUGGUUAUACAAACAGAAGUUGAUAUAACCCAAUCACGAAAAUGGCUGAUGGUGAUGUCUGCAAAAUGCUCUUUUUUCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUUUUACCAAAAAUUUG--- AAGUU UU C- --| U CAAACA GA CC UCAGCCA UUCG GUUG GGUUAUA G CU GG AGUCGGU AAGC UAAC CCAAUAU A ACUUUUUUCUCGUAAAACGU GUAGU U- AA AC^ - AGUUGA 120 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cbr-Mir-7580-P2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCCACUUCGGUUGUGGUUAUA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cbr-Mir-7580-P2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0029581 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UAACCCAAUCACGAAAAUGGCUGA -62
Get sequence
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