| MirGeneDB ID | Bta-Mir-582 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-582 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cow (Bos taurus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | bta-mir-582 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bta-Mir-582-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cja-Mir-582 Eca-Mir-582 Ocu-Mir-582 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_BTA) |
NC_037347.1: 19584398-19584455 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-582-v2) |
Mir-582-v1
NC_037347.1: 19584397-19584456 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-582-v2 NC_037347.1: 19584398-19584455 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Bta-Mir-582-v2 |
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| Seed | AACCAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACCUCAACACUUCAAUCUGUUCUCUUUGGUUACAGUUGUUCAACCAGUUACUAAUCUACCUAAUUGUAACCAGUUGAACAACUGAACCCAAAGGGUGCAAAGUGAAAACAUUUCUUUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACCUCAACACUUCAAUC--| U UUA CA UAAUCU UGU CUCUUUGG CAGUUGUUCAAC GUUAC A ACG GGGAAACC GUCAACAAGUUG CAAUG C GUUUCUUUACAAAAGUGAA^ U CAA AC UUAAUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Bta-Mir-582-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0009351 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACAGUUGUUCAACCAGUUACU -22
Get sequence
|
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| Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-582 |
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| Mature sequence | Bta-Mir-582-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UAACCAGUUGAACAACUGAACC -58
Get sequence
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| Variant | Bta-Mir-582-v1 |
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| Seed | UACAGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GACCUCAACACUUCAAUCUGUUCUCUUUGGUUACAGUUGUUCAACCAGUUACUAAUCUACCUAAUUGUAACCAGUUGAACAACUGAACCCAAAGGGUGCAAAGUGAAAACAUUUCUUUGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GACCUCAACACUUCAAUC--| U UUA CA UAAUCU UGU CUCUUUGG CAGUUGUUCAAC GUUAC A ACG GGGAAACC GUCAACAAGUUG CAAUG C AGUUUCUUUACAAAAGUGAA^ U CAA AC UUAAUC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Bta-Mir-582-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0009351 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUACAGUUGUUCAACCAGUUAC -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-582 |
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| Star sequence | Bta-Mir-582-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AACCAGUUGAACAACUGAACCC -60
Get sequence
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