MirGeneDB ID | Bpl-Mir-12593 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-12593 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Monogonont Rotifer 1 (Brachionus plicatilis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ava-Mir-12593-P1a Ava-Mir-12593-P1b Ava-Mir-12593-P2a Ava-Mir-12593-P2b Bko-Mir-12593 Nag-Mir-12593-v1 Ple-Mir-12593 Sne-Mir-12593 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Rotifera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Rotifera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Bpl_ASM1027981) |
QEOQ01000256.1: 676673-676748 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAUUCUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCAAUUUGAACACGAAUGGUUCUGUUAGAAGCCCCUAUUUUGGAGAAUAAUGAUGGUUAUGAAGUAAACUUUGUAAGUUUAUUCACAUUCUCUUAGAUAGUGGCCUUUUACGGAAAACUAGCGGCUUUUUUAAAAUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 CCAAUUUGAACACGAAUGG--| U A C U AA AUGGUUAUGAAGUAA UUCUGU AGA GCC CUAUUU GGAGAAU UG \ AAGGCA UUU CGG GAUAGA UCUCUUA AC A UAAAAUUUUUUCGGCGAUCAA^ U C U U C- UUAUUUGAAUGUUUC 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Bpl-Mir-12593_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GCCCCUAUUUUGGAGAAUAAUG -22
Get sequence
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Mature sequence | Bpl-Mir-12593_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
54- ACAUUCUCUUAGAUAGUGGCCU -76
Get sequence
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