| MirGeneDB ID | Bla-Novel-6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | BLA-NOVEL-6 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | European lancelet (Branchiostoma lanceolatum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | B. lanceolatum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | B. lanceolatum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (BraLan2) |
Sc0000058: 970510-970567 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-6) |
Mir-12493
Sc0000058: 970176-970234 [-]
Ensembl
Novel-6 Sc0000058: 970510-970567 [-] Ensembl Mir-12491 Sc0000058: 970724-970780 [-] Ensembl |
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| Seed | CACUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUUUAUUGCUUCAUGAUACUGAGAGUGAAUUACGGCUCCUCUAGCCGUGGUUGUCUAUCAAACUAGCCACUGCUUGAUGGGCCGAAGUUCAAUCUACAGAACACAGCAACUACUAGUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AUUUAUUGCUUCAUGAUA- -| G A C U C GUCUA CUG AGA UGAAUU CGGCUC UC AGC GUGGUU U GAC UCU ACUUGA GCCGGG AG UCG CACCGA C CUGAUCAUCAACGACACAA A^ A A U U U UCAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Bla-Novel-6_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACGGCUCCUCUAGCCGUGGUU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Bla-Novel-6_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CCACUGCUUGAUGGGCCGAAGU -58
Get sequence
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