| MirGeneDB ID | Bla-Mir-12491 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12491 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | European lancelet (Branchiostoma lanceolatum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bfl-Mir-12491 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (BraLan2) |
Sc0000058: 970724-970780 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12491) |
Mir-12493
Sc0000058: 970176-970234 [-]
Ensembl
Novel-6 Sc0000058: 970510-970567 [-] Ensembl Mir-12491 Sc0000058: 970724-970780 [-] Ensembl |
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| Seed | UCUUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGGUCCCCGAAAUAAAACCCAUGGAAGGGAACGGCUCUGCAAGCCGGGGAUGAAACAAAACUAUCUCUUGCUUGAAGAGUCGUACUCGGCCUUGGGUGCUUUUCUUCACAACACACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGGGUCCCCGAAAUAAA--| U AA A G C GAAAC ACCCA GG GGG ACGGCUCU CAAGC GGGGAU \ UGGGU CC CUC UGCUGAGA GUUCG UCUCUA A CACACAACACUUCUUUUCG^ U GG A A U UCAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Bla-Mir-12491_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACGGCUCUGCAAGCCGGGGAU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Bla-Mir-12491_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- CUCUUGCUUGAAGAGUCGUACU -57
Get sequence
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