| MirGeneDB ID | Bla-Mir-4863 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-4863 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | European lancelet (Branchiostoma lanceolatum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bfl-Mir-4863 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (BraLan2) |
Sc0000547: 17835-17895 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4863) |
Mir-4863
Sc0000547: 17835-17895 [+]
Ensembl
Mir-2072 Sc0000547: 18221-18276 [+] Ensembl |
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| Seed | GGGCCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGAUGUGAUGACACCUUGCCUGGCCAUGCAGACAACAUCAGAAUGUCCCUACGGGUUGGUUAGGUAGUAGGGCCAUUUUGUGUUGUCAGCAGGACCAGUGCACUUCACUUCGAGGACCCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAGAUGUGAUGACACCU- - -| A A U U GGGUUG UGC CUGG CC UGC GACAACA CAGAAUG CCCUAC G ACG GACC GG ACG CUGUUGU GUUUUAC GGGAUG U UCCCAGGAGCUUCACUUC U A^ - A - C AUGGAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Bla-Mir-4863_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGACAACAUCAGAAUGUCCCUAC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Bla-Mir-4863_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AGGGCCAUUUUGUGUUGUCAGC -61
Get sequence
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