| MirGeneDB ID | Bla-Mir-2056-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2056 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | European lancelet (Branchiostoma lanceolatum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bla-Mir-2056-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bfl-Mir-2056 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | B. lanceolatum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (BraLan2) |
Sc0000086: 325542-325601 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2056-P1) |
Mir-2056-P2
Sc0000086: 322055-322114 [-]
Ensembl
Mir-2056-P1 Sc0000086: 325542-325601 [-] Ensembl |
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| Seed | UUCACUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GACACCCCGGCCCCACAGACGACUUGGGCUCAGGUAUGUCUGCGGUGAGGCUGGUAAAACUCGGCAGGUUUCACUGUAGAUCUACCUGCGCUCAUGGCGUCCACAUCCAGCCUCUACUCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GACACCCCGGCCCCACA--| ACU U U GGUAAA GACG UGGGC CAGGUA GUCUGCGGUGAGGCU A CUGC ACUCG GUCCAU UAGAUGUCACUUUGG C UCUCAUCUCCGACCUACAC^ GGU C C ACGGCU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Bla-Mir-2056-P1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGGUAUGUCUGCGGUGAGGCU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Bla-Mir-2056-P1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UUUCACUGUAGAUCUACCUGCG -60
Get sequence
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