MirGeneDB ID | Bfl-Mir-2056 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2056 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bfl-mir-2056 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bla-Mir-2056-P1 Bla-Mir-2056-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049979.1: 20104446-20104505 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUCACUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGAGACCCCGGCCUACAGACGACUUGGGCUCAGGUAUGUCUGCGGUGAGGCUGGUACAACUCGGCAGGUUUCACUGUAGAUCUACCUGCGCUCACGGCGUCAACAUCCAACUUCUACUUCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GGAGACCCCGGCCUACA--| A - U U GGUACA GACG CU UGGGC CAGGUA GUCUGCGGUGAGGCU A CUGC GG ACUCG GUCCAU UAGAUGUCACUUUGG C CUUCAUCUUCAACCUACAA^ - C C C ACGGCU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Bfl-Mir-2056_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAGGUAUGUCUGCGGUGAGGCU -22
Get sequence
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Mature sequence | Bfl-Mir-2056_3p |
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mirBase accession | MIMAT0009982 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UUUCACUGUAGAUCUACCUGCG -60
Get sequence
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