| MirGeneDB ID | Bko-Mir-12598-P3c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12598 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Monogonont Rotifer 2 (Brachionus koreanus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bko-Mir-12598-P1c Bko-Mir-12598-P1d Bko-Mir-12598-P2c Bko-Mir-12598-P2d Bko-Mir-12598-P3d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ava-Mir-12598-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | B. koreanus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Rotifera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Brachionus_koreanusGCA_016987375.1_Bk_v0.5.4_genomic) |
PJRA01000016.1: 491223-491287 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12598-P3c) |
Mir-12598-P2c
PJRA01000016.1: 491101-491164 [-]
Ensembl
Mir-12598-P3c PJRA01000016.1: 491223-491287 [-] Ensembl Mir-12599-P1c PJRA01000016.1: 491459-491517 [-] Ensembl Mir-12598-P1c PJRA01000016.1: 491571-491634 [-] Ensembl Mir-12598-P2d PJRA01000016.1: 494024-494087 [-] Ensembl Mir-12598-P3d PJRA01000016.1: 494146-494210 [-] Ensembl Mir-12599-P1d PJRA01000016.1: 494383-494441 [-] Ensembl Mir-12598-P1d PJRA01000016.1: 494495-494558 [-] Ensembl |
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| Seed | ACUGUUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UACAAAAUUAGUUUUUCUCAAUUCCACUUUUACUGUUUUUUGAUAGCCUCGCGUGUAUCAAUGUGUCUGGUCGCGAGACUAUGACAAACAGUUAAAGUUGAAUAAUCACACCGACUUGGUUAAUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UACAAAAUUAGUUUUUCUCA--| C U U G C UGUAUCAA AUUC ACUUU ACUGUUU UU AUAG CUCGCG U UAAG UGAAA UGACAAA AG UAUC GAGCGC G UUAAUUGGUUCAGCCACACUAA^ U U C - A UGGUCUGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Bko-Mir-12598-P3c_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACUGUUUUUUGAUAGCCUCGCG -23
Get sequence
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| Star sequence | Bko-Mir-12598-P3c_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- CGAGACUAUGACAAACAGUUAA -65
Get sequence
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