MirGeneDB ID | Bko-Mir-12594 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-12594 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Monogonont Rotifer 2 (Brachionus koreanus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ava-Mir-12594-P1 Ava-Mir-12594-P2 Bpl-Mir-12594 Sne-Mir-12594 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Rotifera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Rotifera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Brachionus_koreanusGCA_016987375.1_Bk_v0.5.4_genomic) |
PJRA01000412.1: 1986186-1986255 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UAUCAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGAAAUAUGAUUCAAUACUGAGACUUGUUCCAGUGGUACAGCGCUGAUUAACAGUUGUAAUAUGCUAACAAGUUUCUGUAUCAGUAGCUCUACUACUGAAACAAGCUCAGUUCUGCUCAUCCUAUCUGCAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 AGAAAUAUGAUUCAAUA---| A C C - UA UUGUAAUAUG CUGAG CUUGUU CAGUGGUA AGC GCUGAU ACAG \ GACUC GAACAA GUCAUCAU UCG UGACUA UGUC C ACGUCUAUCCUACUCGUCUU^ - A C A -- UUUGAACAAU . 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Bko-Mir-12594_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAGUGGUACAGCGCUGAUUAACAG -24
Get sequence
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Mature sequence | Bko-Mir-12594_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
47- GUAUCAGUAGCUCUACUACUGAA -70
Get sequence
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