MirGeneDB ID | Bpl-Mir-12594 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-12594 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Monogonont Rotifer 1 (Brachionus plicatilis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ava-Mir-12594-P1 Ava-Mir-12594-P2 Bko-Mir-12594 Sne-Mir-12594 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Rotifera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Rotifera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Bpl_ASM1027981) |
QEOQ01000206.1: 1063707-1063776 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UAUCAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAUUGUCGAACUCAAUACUGAGACUUGUUCCAGUGGUACAGCGCUGAUUAACAGUUGUAAUAUGCUGACUAAUUUCUGUAUCAGUAGCUCUACUACUGAAUCAAGCUCAGUUCUGAUCAUCUUAUCGGCAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 AAUUGUCGAACUCAAUA---| A UUC C - UA UUGUAAUAUG CUGAG CUUG CAGUGGUA AGC GCUGAU ACAG \ GACUC GAAC GUCAUCAU UCG UGACUA UGUC C ACGGCUAUUCUACUAGUCUU^ - UAA C A -- UUUAAUCAGU . 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Bpl-Mir-12594_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAGUGGUACAGCGCUGAUUAACAG -24
Get sequence
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Mature sequence | Bpl-Mir-12594_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
47- GUAUCAGUAGCUCUACUACUGAA -70
Get sequence
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