| MirGeneDB ID | Bfl-Mir-4868-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-4868 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | bfl-mir-4868a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bfl-Mir-4868-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049981.1: 9953158-9953217 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4868-P1) |
Mir-22-P2b
NC_049981.1: 9942475-9942534 [-]
UCSC
Mir-4868-P2 NC_049981.1: 9942475-9942534 [-] UCSC Mir-22-P2a NC_049981.1: 9953158-9953217 [-] UCSC Mir-4868-P1 NC_049981.1: 9953158-9953217 [-] UCSC |
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| Seed | CAGCUCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGAUUGAGAAAUGAUGUGGUCUUCUCGCCCCUGAUCAGCCCGGAAGCUGUUACGUCACUUCCGUUGUAUCAGCUCCAGCGCUGAUCAGUGACGCGGUGACUUAAAAACAACUACGCCAGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGAUUGAGAAAUGAUGU-- UU U CC-- CC-| A U CGUCAC GGUC C CGC CUGAUCAGC GGA GCUG UA U UCAG G GCG GACUAGUCG CCU CGAC AU U GGACCGCAUCAACAAAAAU U- - CAGU CGA^ - U GUUGCC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Bfl-Mir-4868-P1_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUGAUCAGCCCGGAAGCUGUUA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Bfl-Mir-4868-P1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0020104 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UCAGCUCCAGCGCUGAUCAGUG -60
Get sequence
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