| MirGeneDB ID | Bfl-Mir-135-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-135 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | bfl-mir-135a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bfl-Mir-135-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bla-Mir-135-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049983.1: 13598038-13598096 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-135-P6) |
Mir-135-P6
NC_049983.1: 13598038-13598096 [-]
UCSC
Mir-135-P5 NC_049983.1: 13598256-13598313 [-] UCSC |
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| Seed | AUGGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCAGUGUGUCUGUGUGUCUACCUCGUGUUCUAUGGCUUUCAUCCUAUGUGAAUGUUAUCGCACAUGUUCACAUUGGUGGAAGUCAAAGAAGACGUGUGUGGAAACUCACCGCUACUAACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCAGUGUGUCUGUGUGU- CU-| G A CU UGUUAU CUAC CGU UUCU UGGCUUUCAUC AUGUGAA C GGUG GCA AAGA ACUGAAGGUGG UACACUU G CAAUCAUCGCCACUCAAA UGU^ G A U- GUACAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Bfl-Mir-135-P6_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0009992 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUGGCUUUCAUCCUAUGUGAA -22
Get sequence
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| Star sequence | Bfl-Mir-135-P6_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CACAUUGGUGGAAGUCAAAGA -59
Get sequence
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