MirGeneDB ID | Asp-Novel-1-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | ASP-NOVEL-1 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Deep-sea anemone (Actinernus sp.) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Asp-Novel-1-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Actinernus sp. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Actinernus sp. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_030867875.1_CUHK_Acti_1.0_genomic) |
JAOWCC010000853.1: 19983586-19983639 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-1-P1) |
Novel-1-P1
JAOWCC010000853.1: 19983586-19983639 [+]
Ensembl
Novel-1-P2 JAOWCC010000853.1: 19983974-19984027 [+] Ensembl |
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Seed | GCUACAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACAUUGAGUGACUACUGGUGCAGAACCUUACAGGUGUACCAAGUGUUACAAGAUAUAUGCCUUGCUACAUUUCGUACACCUGUAAGGUUUUUCACAUUCAUUGACUCCAGUCAUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 ACAUUGAGUGACUACUG--| C C UA AUA GUG AGAACCUUACAGGUGUAC AAGUGU CAAG U CAC UUUUGGAAUGUCCACAUG UUUACA GUUC A UACUGACCUCAGUUACUUA^ U C UC CGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Asp-Novel-1-P1_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAGGUGUACCAAGUGUUACAAG -22
Get sequence
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Mature sequence | Asp-Novel-1-P1_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
32- UGCUACAUUUCGUACACCUGUA -54
Get sequence
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