| MirGeneDB ID | Agr-Mir-193-P1l | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-193 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | West Indian fuzzy chiton (Acanthopleura granulata ) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Agr-Mir-193-P1m | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-193-P1 Aga-Mir-193-P1 Bge-Mir-193-P1 Cbr-Mir-193-P1-v1 Cel-Mir-193-P1-v1 Cte-Mir-193-P1 Dan-Mir-193-P1-v1 Dgr-Mir-193-P1 Dlo-Mir-193-P1 Dma-Mir-193-P1 Dme-Mir-193-P1-v1 Dmo-Mir-193-P1-v1 Dpu-Mir-193-P1 Dsi-Mir-193-P1-v1 Dya-Mir-193-P1-v1 Eba-Mir-193-P1 Esc-Mir-193-P1 Gpa-Mir-193-P1 Hme-Mir-193-P1 Hru-Mir-193-P1 Isc-Mir-193-P1 Lgi-Mir-193-P1 Lhy-Mir-193-P1 Mgi-Mir-193-P1 Mom-Mir-193-P1 Npo-Mir-193-P1 Obi-Mir-193-P1 Ofu-Mir-193-P1 Ovu-Mir-193-P1 Pau-Mir-193-P1 Pcr-Mir-193-P1 Pma-Mir-193-P1 Pmi-Mir-193-P1 Pve-Mir-193-P1 Rph-Mir-193-P1 Snu-Mir-193-P1 Tca-Mir-193-P1 War-Mir-193-P1 Xbo-Mir-193-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_016165875.1_ASM1616587v1_Acanthopleura_granulata) |
JABBOT010000002.1: 38402771-38402831 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-193-P1l) |
Mir-193-P1m
JABBOT010000002.1: 38401352-38401407 [-]
Ensembl
Mir-193-P1l JABBOT010000002.1: 38402771-38402831 [-] Ensembl |
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| Seed | GGAAUUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUCCAAGCGGACUUAACAUUCCUUUCGAUUCGGAAUUUUACGGGCACAGAUGGAUGAUUUAAAAACUUCCACUGGCCCGCAAAGUCCCGCCUUCAUUGGAGUGAUAACCAUCCUAGAUCACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUCCAAGCGGACUUAAC--| UUUC UU- A A A A AUGAUUU AUUCC GA CGG AUUUU CGGGC CAG UGG \ UGAGG CU GCC UGAAA GCCCG GUC ACC A CACUAGAUCCUACCAAUAG^ UUA- UCC C C - - UUCAAAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Agr-Mir-193-P1l_5p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGGAAUUUUACGGGCACAGAUGG -23
Get sequence
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| Star sequence | Agr-Mir-193-P1l_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- ACUGGCCCGCAAAGUCCCGCC -61
Get sequence
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