MirGeneDB ID | Aga-Mir-970 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-970 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African malaria mosquito (Anopheles gambiae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | aga-mir-970 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-970 Dan-Mir-970 Dme-Mir-970 Dmo-Mir-970 Dsi-Mir-970 Dya-Mir-970 Gpa-Mir-970 Hme-Mir-970 Tca-Mir-970 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Aparaglossata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Aparaglossata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_943734735.2_idAnoGambNW_F1_1_genomic) |
NC_064600.1: 138073-138140 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAUAAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GACGCCGGUCAGAAAUGGCUGACGGAAGAUAGCCAGCGUUUGUUUUAUUUGGUAUGUAACUACUGCUGCAAGCUAUAUCAUAAGACACACGCGGCUAUUUUCCGCAACCCGAACCAGCAAGCGCCGUUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 GACGCCGGUCAGAAAUGGC---| A A U UUGGUAUGUAACUAC UG CGGAAGAUAGCC GCGU UGUUUUAU \ AC GCCUUUUAUCGG CGCA ACAGAAUA U UUGCCGCGAACGACCAAGCCCA^ - - C CUAUAUCGAACGUCG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Aga-Mir-970_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGCCAGCGUUUGUUUUAUUUG -21
Get sequence
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Mature sequence | Aga-Mir-970_3p |
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mirBase accession | MIMAT0010105 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
47- UCAUAAGACACACGCGGCUAU -68
Get sequence
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