MirGeneDB ID | Aca-Mir-5396-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-5396 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | aca-mir-5396b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Aca-Mir-5396-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | A. carolinensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | A. carolinensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (anoCar2) |
1: 213792664-213792723 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CACACAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGUUGCAUCUAUGAGCCCAGAAUGGGGCAUCCACACAACCAGCAAGAAGGAAAUAAGAUUAAUCCCUUUCUUCUUGCUGUUUGUGCAGGUGCCUCAUCCUGACAUCAACCAAAGUGACUGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 AGUUGCAUCUAUGAGCC--| A CA C AUAAGA CAG AUGGGGCAUC CACAA CAGCAAGAAGGAA U GUC UACUCCGUGG GUGUU GUCGUUCUUCUUU U GUCAGUGAAACCAACUACA^ C AC U CCCUAA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Aca-Mir-5396-P2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0037580 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CCACACAACCAGCAAGAAGGAA -22
Get sequence
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Star sequence | Aca-Mir-5396-P2_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0037581 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UCUUCUUGCUGUUUGUGCAGGU -60
Get sequence
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