MirGeneDB ID | Rno-Mir-506-P24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-506 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACUCCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Norway rat (Rattus norvegicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | rno-mir-880 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Rno-Mir-506-P1 Rno-Mir-506-P2 Rno-Mir-506-P6 Rno-Mir-506-P7 Rno-Mir-506-P14 Rno-Mir-506-P15 Rno-Mir-506-P17 Rno-Mir-506-P18 Rno-Mir-506-P19 Rno-Mir-506-P20 Rno-Mir-506-P21 Rno-Mir-506-P22 Rno-Mir-506-P23 Rno-Mir-506-P25 Rno-Mir-506-P26 Rno-Mir-506-P28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Mmu-Mir-506-P24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Muridae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (rn6) |
chrX: 151281998-151282055 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-506-P24) |
Mir-506-P20
chrX: 151252838-151252893 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-506-P21 chrX: 151253328-151253384 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P19 chrX: 151260323-151260379 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P26 chrX: 151260712-151260770 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P17 chrX: 151272114-151272171 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P28 chrX: 151272836-151272891 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P18 chrX: 151274374-151274430 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P14 chrX: 151276038-151276097 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P24 chrX: 151281998-151282055 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P23 chrX: 151283471-151283527 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P25 chrX: 151283920-151283976 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P22 chrX: 151287797-151287853 [-] UCSC Ensembl Mir-3580 chrX: 151295627-151295682 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P15 chrX: 151297377-151297433 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACUUCAUUGAACAAGCUGUGUGCACUGCAAUACUCAGAUUGGUAUGAGUCACUUCCUAAAACAUGUUACUCCAUUCAUUCUGAGUAGAGCAAGGCACACCAAACACCAGUUUGUUUUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 ACUUCAUUGAACAAGCU--| AC AA U UAU C UUCCU GUGUGC UGC UACUCAGA UGG GAGU AC A CACACG ACG AUGAGUCU ACU CUCA UG A GUUUUGUUUGACCACAAAC^ GA AG U UAC U UACAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Rno-Mir-506-P24_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0017292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UACUCAGAUUGGUAUGAGUCAC -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: rno-miR-880-5p miRDB: MIMAT0017292 |
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Mature sequence | Rno-Mir-506-P24_3p |
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mirBase accession | MIMAT0005288 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UACUCCAUUCAUUCUGAGUAGA -58
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0005288 TargetScanVert: rno-miR-880-3p miRDB: MIMAT0005288 |