MirGeneDB ID | Rno-Mir-506-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-506 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACUCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Norway rat (Rattus norvegicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | rno-mir-509 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Rno-Mir-506-P1 Rno-Mir-506-P2 Rno-Mir-506-P6 Rno-Mir-506-P14 Rno-Mir-506-P15 Rno-Mir-506-P17 Rno-Mir-506-P18 Rno-Mir-506-P19 Rno-Mir-506-P20 Rno-Mir-506-P21 Rno-Mir-506-P22 Rno-Mir-506-P23 Rno-Mir-506-P24 Rno-Mir-506-P25 Rno-Mir-506-P26 Rno-Mir-506-P28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cfa-Mir-506-P7 Cpo-Mir-506-o7a Cpo-Mir-506-o7b Cpo-Mir-506-o7c Dno-Mir-506-P7f Dno-Mir-506-P7g Dno-Mir-506-P7h Dno-Mir-506-P7i Hsa-Mir-506-P7a Hsa-Mir-506-P7b Hsa-Mir-506-P7c Mml-Mir-506-P7a Mmu-Mir-506-P7 Ocu-Mir-506-P7d Ocu-Mir-506-P7e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (rn6) |
chrX: 155317221-155317277 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-506-P7) |
Mir-506-P7
chrX: 155317221-155317277 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-506-P2 chrX: 155338852-155338909 [+] UCSC Ensembl Mir-506-P1 chrX: 155339151-155339208 [+] UCSC Ensembl Mir-506-P6 chrX: 155344207-155344263 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGUUGAUCAUGACAACUGUGUGUGGUUCUUUACUCCAGAAUAUGGCAAUCAUGCAUAAUUAAAUGUGAUUGACAUGUCUGCAGUGGAGUAACACAUGCAAUAUAUGGCAUGUGCAGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AGUUGAUCAUGACAACU--| GUU C A G GCAUA GUGUGUG CUUUACU CAGA UAUG CAAUCAU A CGUACAC GAGGUGA GUCU GUAC GUUAGUG U UGACGUGUACGGUAUAUAA^ AAU C - A UAAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Rno-Mir-506-P7_5p |
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mirBase accession | MIMAT0024849 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UACUCCAGAAUAUGGCAAUCAUG -23
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: rno-miR-509-5p miRDB: MIMAT0024849 |
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Co-mature sequence | Rno-Mir-506-P7_3p |
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mirBase accession | MIMAT0024850 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- UGAUUGACAUGUCUGCAGUGGA -57
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: rno-miR-509-3p miRDB: MIMAT0024850 |