MirGeneDB ID | Pma-Mir-34-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-34 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGCAGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Lamprey (Petromyzon marinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pma-Mir-34-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-34 Aca-Mir-34-P1 Ami-Mir-34-P1 Asu-Mir-34 Bge-Mir-34 Bta-Mir-34-P1 Cbr-Mir-34 Cel-Mir-34 Cfa-Mir-34-P1 Cgi-Mir-34 Cin-Mir-34 Cli-Mir-34-P1 Cmi-Mir-34-P1 Cpi-Mir-34-P1 Cpo-Mir-34-P1 Cte-Mir-34 Dan-Mir-34 Dma-Mir-34 Dme-Mir-34 Dmo-Mir-34 Dno-Mir-34-P1 Dpu-Mir-34 Dre-Mir-34-P1 Dsi-Mir-34 Dya-Mir-34 Ebu-Mir-34-P1 Efe-Mir-34 Esc-Mir-34 Ete-Mir-34-P1 Gga-Mir-34-P1 Gja-Mir-34-P1 Gmo-Mir-34-P1 Hsa-Mir-34-P1 Isc-Mir-34 Lch-Mir-34-P1 Lgi-Mir-34 Loc-Mir-34-P1 Mal-Mir-34-P1 Mdo-Mir-34-P1 Mml-Mir-34-P1 Mmu-Mir-34-P1 Mun-Mir-34-P1 Npo-Mir-34 Oan-Mir-34-P1 Obi-Mir-34 Ocu-Mir-34-P1 Ovu-Mir-34 Pbv-Mir-34-P1 Pfl-Mir-34 Pmi-Mir-34 Rno-Mir-34-P1 Sha-Mir-34-P1 Sko-Mir-34 Spt-Mir-34-P1 Spu-Mir-34 Sto-Mir-34-P1 Tca-Mir-34 Tgu-Mir-34-P1 Tni-Mir-34-P1 Xbo-Mir-34 Xla-Mir-34-P1a Xla-Mir-34-P1b Xtr-Mir-34-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_010993605.1_kPetMar1.pri_genomic) |
NC_046107.1: 11782397-11782476 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGUGACAGCCUGCGCCUGUGCGUGGCCCCUUGGCAGUGUCUUAGCUGGUUGUUGUUGUUGCUGUUGCUGACGACGCUGACGUCGCCAACAAUCAGUUGGCUACUGCCCUCGGGACGCGGCACCCACACGGCUACAGGCGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GGUGACAGCCUGCGCCU- -| G CUU U U GUUGUUGCUGUUGCUG GUG CGUG CCC GGCAGUG CU AGCUGGUUGUU \ CAC GCGC GGG CCGUCAU GG UUGACUAACAA A AGCGGACAUCGGCACACC G^ A CUC C - CCGCUGCAGUCGCAGC . 130 120 110 100 90 80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Pma-Mir-34-P1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGCAGUGUCUUAGCUGGUUGUU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Pma-Mir-34-P1_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
58- CAAUCAGUUGGCUACUGCCCUC -80
Get sequence
|