MirGeneDB ID | Cfa-Mir-34-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-34 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGCAGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-34a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-34-P2a Cfa-Mir-34-P2b Cfa-Mir-34-P3b Cfa-Mir-34-P3c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-34 Aca-Mir-34-P1 Ami-Mir-34-P1 Asu-Mir-34 Bge-Mir-34 Bta-Mir-34-P1 Cbr-Mir-34 Cel-Mir-34 Cgi-Mir-34 Cin-Mir-34 Cli-Mir-34-P1 Cmi-Mir-34-P1 Cpi-Mir-34-P1 Cpo-Mir-34-P1 Cte-Mir-34 Dan-Mir-34 Dma-Mir-34 Dme-Mir-34 Dmo-Mir-34 Dno-Mir-34-P1 Dpu-Mir-34 Dre-Mir-34-P1 Dsi-Mir-34 Dya-Mir-34 Ebu-Mir-34-P1 Efe-Mir-34 Esc-Mir-34 Ete-Mir-34-P1 Gga-Mir-34-P1 Gja-Mir-34-P1 Gmo-Mir-34-P1 Hsa-Mir-34-P1 Isc-Mir-34 Lch-Mir-34-P1 Lgi-Mir-34 Loc-Mir-34-P1 Mal-Mir-34-P1 Mdo-Mir-34-P1 Mml-Mir-34-P1 Mmu-Mir-34-P1 Mun-Mir-34-P1 Npo-Mir-34 Oan-Mir-34-P1 Obi-Mir-34 Ocu-Mir-34-P1 Ovu-Mir-34 Pbv-Mir-34-P1 Pfl-Mir-34 Pma-Mir-34-P1 Pmi-Mir-34 Rno-Mir-34-P1 Sha-Mir-34-P1 Sko-Mir-34 Spt-Mir-34-P1 Spu-Mir-34 Sto-Mir-34-P1 Tca-Mir-34 Tgu-Mir-34-P1 Tni-Mir-34-P1 Xbo-Mir-34 Xla-Mir-34-P1a Xla-Mir-34-P1b Xtr-Mir-34-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr5: 62485832-62485897 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAUCGUCAGGGCCAGCUGUGAGUGUUUCUUUGGCAGUGUCUUAGCUGGUUGUUGUGAGUAAUAGUGAAGGAAGCAAUCAGCAAGUAUACUGCCCUAGAAGUGCUGCACGUUGUUGGGCCCAAGAGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CAUCGUCAGGGCCAGCU- - UG UU -| A GUGAGUAA GUG AG UUUCU GGCAGUGU CUU GCUGGUUGUU U CAC UC GAAGA CCGUCAUA GAA CGACUAACGA A GGAGAACCCGGGUUGUUG G GU UC U^ - AGGAAGUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comment | There is a second Dicer cut +1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cfa-Mir-34-P1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0006690 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGCAGUGUCUUAGCUGGUUGUU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-34a miRDB: MIMAT0006690 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cfa-Mir-34-P1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
43- CAAUCAGCAAGUAUACUGCCCUA -66
Get sequence
|