MirGeneDB ID | Pma-Mir-216-P2b1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-216 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAUCUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Lamprey (Petromyzon marinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | pma-mir-216a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pma-Mir-216-P2a1 Pma-Mir-216-P2a2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-216-P2 Aca-Mir-216-P2b Ami-Mir-216-P2b Asu-Mir-216-P2 Bfl-Mir-216-P2 Bge-Mir-216-P2 Bla-Mir-216-P2 Bpl-Mir-216-P2 Bta-Mir-216-P2b Cbr-Mir-216-P2 Cel-Mir-216-P2 Cfa-Mir-216-P2b Cgi-Mir-216-P2 Cli-Mir-216-P2b Cmi-Mir-216-P2b Cpi-Mir-216-P2b Cpo-Mir-216-P2b Dan-Mir-216-P2 Dma-Mir-216-P2 Dme-Mir-216-P2 Dmo-Mir-216-P2 Dno-Mir-216-P2b Dpu-Mir-216-P2 Dre-Mir-216-P2b Dsi-Mir-216-P2 Dya-Mir-216-P2 Ebu-Mir-216-P2b1 Efe-Mir-216-P2 Ete-Mir-216-P2b Gga-Mir-216-P2b Gja-Mir-216-P2b Gmo-Mir-216-P2b Hme-Mir-216-P2 Hsa-Mir-216-P2b Isc-Mir-216-P2 Lch-Mir-216-P2b Lgi-Mir-216-P2 Loc-Mir-216-P2b Mal-Mir-216-P2b Mdo-Mir-216-P2b Mml-Mir-216-P2b Mmu-Mir-216-P2b Mun-Mir-216-P2b Oan-Mir-216-P2b Ocu-Mir-216-P2b Pbv-Mir-216-P2b Rno-Mir-216-P2b Sha-Mir-216-P2b Spt-Mir-216-P2b Sto-Mir-216-P2b Tca-Mir-216-P2 Tgu-Mir-216-P2b Tni-Mir-216-P2b Xtr-Mir-216-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Cyclostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_010993605.1_kPetMar1.pri_genomic) |
NC_046074.1: 1952348-1952411 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-216-P2b1) |
Mir-217-P1
NC_046074.1: 1950981-1951039 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-216-P2b1 NC_046074.1: 1952348-1952411 [-] UCSC Ensembl Mir-216-P2a1 NC_046074.1: 1955059-1955119 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCUGGUGAAGGCUCUGCUGUGAUCUCGGCCCAAUCUCAGCUGGCAACUGUGAGUGCUGUGUUGGGAAUUGCCCACGGGAGUCACUGGGAUUAGGCUGUGAGCAGCACUUUGUGCAAAUCAACUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GCUGGUGAAGGCUCUGC- GA-| U C C AA A UGCUGUGU UGU UC CGGCC AAUCUCAG UGGC CUGUG G \ ACG AG GUCGG UUAGGGUC ACUG GGCAC C U GUCAACUAAACGUGUUUC ACG^ U A - AG C GUUAAGGG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Pma-Mir-216-P2b1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0019525 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAAUCUCAGCUGGCAACUGUGAG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Pma-Mir-216-P2b1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0019526 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- CACGGGAGUCACUGGGAUUAGG -64
Get sequence
|