MirGeneDB ID | Lpo-Mir-31-P16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-31 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGCAAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Atlantic horseshoe crab (Limulus polyphemus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Lpo-Mir-31-P13 Lpo-Mir-31-P14 Lpo-Mir-31-P15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-31 Aca-Mir-31 Ami-Mir-31 Asu-Mir-31 Bfl-Mir-31 Bge-Mir-31 Bla-Mir-31 Bpl-Mir-31 Bta-Mir-31 Cbr-Mir-31 Cel-Mir-31 Cfa-Mir-31 Cgi-Mir-31 Cin-Mir-31 Cli-Mir-31 Cmi-Mir-31 Cpi-Mir-31 Cpo-Mir-31 Cte-Mir-31 Dma-Mir-31 Dno-Mir-31 Dpu-Mir-31 Dre-Mir-31 Ebu-Mir-31 Efe-Mir-31 Esc-Mir-31 Ete-Mir-31 Gga-Mir-31 Gmo-Mir-31 Hme-Mir-31 Hsa-Mir-31 Isc-Mir-31 Lch-Mir-31 Lgi-Mir-31 Mal-Mir-31 Mdo-Mir-31 Mml-Mir-31 Mmu-Mir-31 Mun-Mir-31 Npo-Mir-31 Oan-Mir-31 Obi-Mir-31 Ocu-Mir-31 Ovu-Mir-31 Pbv-Mir-31 Pfl-Mir-31 Rno-Mir-31 Sha-Mir-31 Sko-Mir-31 Spt-Mir-31 Spu-Mir-31 Sto-Mir-31 Tca-Mir-31 Tgu-Mir-31 Tni-Mir-31 Xbo-Mir-31 Xtr-Mir-31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | L. polyphemus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000517525.1_Limulus_polyphemus-2.1.2_genomic) |
NW_013674433.1: 14547-14606 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUUGUUUUUUCUCAGUCCAGAGCUAGGAUUAGGCAAGAUGGAGGCAUAGCUCCCCUGUGUUGAAUAAUAGCUGUUCUUCAUCUAGCCAACUUCUGGUUCUGACAUUCACCGUUACAAAGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUUGUUUUUUCUCAGUC--| UUA A C CCCCUGUG CAGAGCUAGGA GGC AGAUGGAGG AUAGCU \ GUCUUGGUCUU CCG UCUACUUCU UGUCGA U GGAAACAUUGCCACUUACA^ CAA A - UAAUAAGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Lpo-Mir-31-P16_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGCAAGAUGGAGGCAUAGCUCCC -24
Get sequence
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Star sequence | Lpo-Mir-31-P16_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UAGCUGUUCUUCAUCUAGCCAAC -60
Get sequence
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