MirGeneDB ID | Gga-Mir-29-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-29 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCACCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Chicken (Gallus gallus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gga-mir-29a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gga-Mir-29-P1b-v1 Gga-Mir-29-P1b-v2 Gga-Mir-29-P1d-v1 Gga-Mir-29-P1d-v2 Gga-Mir-29-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-29-P2b Ami-Mir-29-P2b Asu-Mir-29-P2 Bfl-Mir-29-P2 Bla-Mir-29-P2 Bta-Mir-29-P2b Cbr-Mir-29-P2 Cel-Mir-29-P2 Cfa-Mir-29-P2b Cgi-Mir-29-P2 Cin-Mir-29-P2 Cli-Mir-29-P2b Cmi-Mir-29-P2b Cpi-Mir-29-P2b Cpo-Mir-29-P2b Csc-Mir-29-P2 Cte-Mir-29-P2 Dno-Mir-29-P2b Dre-Mir-29-P2b1 Esc-Mir-29-P2 Ete-Mir-29-P2b Gja-Mir-29-P2b Gmo-Mir-29-P2b1 Hsa-Mir-29-P2b Isc-Mir-29-P2 Lch-Mir-29-P2b Lgi-Mir-29-P2 Loc-Mir-29-P2b Mal-Mir-29-P2b1-v1 Mal-Mir-29-P2b1-v2 Mdo-Mir-29-P2b Mml-Mir-29-P2b Mmu-Mir-29-P2b Mun-Mir-29-P2b Npo-Mir-29-P2 Oan-Mir-29-P2b Obi-Mir-29-P2 Ocu-Mir-29-P2b Ovu-Mir-29-P2 Pbv-Mir-29-P2b Pfl-Mir-29-P2 Pmi-Mir-29-P2 Rno-Mir-29-P2b Sha-Mir-29-P2b Sko-Mir-29-P2 Spt-Mir-29-P2b Spu-Mir-29-P2 Sto-Mir-29-P2b Tgu-Mir-29-P2b Tni-Mir-29-P2b1 Xbo-Mir-29-P2 Xla-Mir-29-P2b3 Xla-Mir-29-P2b4 Xtr-Mir-29-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gallus_gallus.GRCg6a) |
1: 4030419-4030478 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-29-P2b) |
Mir-29-P1b-v1
1: 4029395-4029458 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-29-P1b-v2 1: 4029396-4029457 [+] UCSC Ensembl Mir-29-P2b 1: 4030419-4030478 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGCAGAUCUCAGUAACCCCUUUAGAGGAUGACUGAUUUCUUUUGGUGUUCAGAGUCAAUAAUAUUUUCUAGCACCAUUUGAAAUCGGUUAUAGUGAUUGGGGAAUUGCUCCUUGUGAAUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UGCAGAUCUCAGUAACC--| UUAGAGG UUU C GUCAAU CCU AUGACUGAUUUC UGGUGUU AGA \ GGG UAUUGGCUAAAG ACCACGA UCU A UUAAGUGUUCCUCGUUAAG^ UUAGUGA UUU - UUUAUA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Gga-Mir-29-P2b_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0026487 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACUGAUUUCUUUUGGUGUUCAGA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-29a-5p miRDB: MIMAT0026487 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Gga-Mir-29-P2b_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0001096 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UAGCACCAUUUGAAAUCGGUUA -60
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-29a-3p miRDB: MIMAT0001096 |