MirGeneDB ID | Dre-Mir-29-P2b1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-29 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCACCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dre-mir-29a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dre-Mir-29-P1b1 Dre-Mir-29-P1d1 Dre-Mir-29-P1d2 Dre-Mir-29-P2d2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-29-P2b Ami-Mir-29-P2b Asu-Mir-29-P2 Bfl-Mir-29-P2 Bla-Mir-29-P2 Bta-Mir-29-P2b Cbr-Mir-29-P2 Cel-Mir-29-P2 Cfa-Mir-29-P2b Cgi-Mir-29-P2 Cin-Mir-29-P2 Cli-Mir-29-P2b Cmi-Mir-29-P2b Cpi-Mir-29-P2b Cpo-Mir-29-P2b Csc-Mir-29-P2 Cte-Mir-29-P2 Dno-Mir-29-P2b Esc-Mir-29-P2 Ete-Mir-29-P2b Gga-Mir-29-P2b Gja-Mir-29-P2b Gmo-Mir-29-P2b1 Hsa-Mir-29-P2b Isc-Mir-29-P2 Lch-Mir-29-P2b Lgi-Mir-29-P2 Loc-Mir-29-P2b Mal-Mir-29-P2b1-v1 Mal-Mir-29-P2b1-v2 Mdo-Mir-29-P2b Mml-Mir-29-P2b Mmu-Mir-29-P2b Mun-Mir-29-P2b Npo-Mir-29-P2 Oan-Mir-29-P2b Obi-Mir-29-P2 Ocu-Mir-29-P2b Ovu-Mir-29-P2 Pbv-Mir-29-P2b Pfl-Mir-29-P2 Pmi-Mir-29-P2 Rno-Mir-29-P2b Sha-Mir-29-P2b Sko-Mir-29-P2 Spt-Mir-29-P2b Spu-Mir-29-P2 Sto-Mir-29-P2b Tgu-Mir-29-P2b Tni-Mir-29-P2b1 Xbo-Mir-29-P2 Xtr-Mir-29-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (danRer11) |
chr4: 11606782-11606841 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-29-P2b1) |
Mir-29-P2b1
chr4: 11606782-11606841 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-29-P1b1 chr4: 11608208-11608269 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCUCUCUCUCUCUCUCCCCACCAAACGAUGACUGAUUUCCUUUGGUGCUUAGAGUCCCAUCUGUCAUCUAGCACCAUUUGAAAUCGGUUAUAAUGACUGGGGAUCAAUUCUUCAGCUUCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UCUCUCUCUCUCUCUCC- A AACG--| CUU U GUCCCA CC CCA AUGACUGAUUUC UGGUGCU AGA \ GG GGU UAUUGGCUAAAG ACCACGA UCU U UCUUCGACUUCUUAACUA - CAGUAA^ UUU - ACUGUC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Dre-Mir-29-P2b1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACUGAUUUCCUUUGGUGCUUAGA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Dre-Mir-29-P2b1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0001802 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UAGCACCAUUUGAAAUCGGUUA -60
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-29a |