MirGeneDB ID | Tgu-Mir-2997 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2997 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Zebra finch (Taeniopygia guttata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tgu-mir-2997 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | T. guttata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | T. guttata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (TaeGut1_add) |
20: 6160929-6160990 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGGAGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGCACAGGGGUCCAGGGCUCAGGAAGCACCAAACAUGUCCAAGUUCCUCACAGUGCUGGCAGUAGUCUGCAGGAGCUUGGACAUGUUAGGUGCAUUCUCAGCCCACCCAGCCUCCUGGCCUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 AGGCACAGGGGUCCAGG--| C A A CA UGCUGG GCU AGGA GCACC AACAUGUCCAAGUUCCU CAG \ CGA UCUU CGUGG UUGUACAGGUUCGAGGA GUC C UCCGGUCCUCCGACCCACC^ C A A C- UGAUGA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Tgu-Mir-2997_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0014653 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAAACAUGUCCAAGUUCCUCACAG -24
Get sequence
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Mature sequence | Tgu-Mir-2997_3p |
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mirBase accession | MIMAT0014604 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- CAGGAGCUUGGACAUGUUAGGU -62
Get sequence
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